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슬롯사이트 TTP는 최첨단 유전체학 장비에 대한 액세스를 제공하고 NGS 라이브러리 준비 및 게놈 엔지니어링 서비스를 제공합니다.
TTP (Translational Technology Platform)는 연구 프로젝트의 모든 단계에서 전문 지식과 지원을 제공 할 수있는 숙련 된 전문가의 지원을받습니다. 우리는 실험 설계, 슬롯사이트 서비스 제공 및 유전체학 및/또는 게놈 엔지니어링 슬롯사이트이 필요한 연구 프로젝트를 촉진하기위한 교육을 도울 수 있습니다.
우리는 Illumina NextSeq 550 및 Miseq를 사용한 차세대 시퀀싱 (NGS) 라이브러리 준비 및 시퀀싱을 포함한 포괄적 인 시퀀싱 서비스를 제공합니다. 우리는 생물 정보학 TTP와 긴밀히 협력하여Bill Lyons Informatics Center (BLIC), Cruk 슬롯사이트 센터의 지원을 받아 다양한 응용 프로그램에 대한 시퀀싱 데이터 분석을 제공 할 수 있습니다.
슬롯사이트 TTP는 Cruk City of London Center 와도 밀접하게 작동합니다단일 세포 유전체학 시설10X 슬롯사이트 Chromium 컨트롤러 및 Fluidigm C1 플랫폼에서 샘플을 실행하고 라이브러리 준비에서 생물 정보 분석에 이르기까지 간소화 된 서비스를 제공합니다..
우리의 게놈 엔지니어링 서비스에는 최신 CRISPR 슬롯사이트의 생산 및 사용과 관련된 사내 개발 CRISPR 시약의 은행 및 유통이 포함됩니다. 또한 인간 및 마우스 오픈 바이오 시스템 GIPZ Shrnamir Lentiviral Libraries를 보유하고 있으며,이 라이브러리는 개별 헤어핀 또는 멀티플렉싱 스크리닝을위한 풀링 된 라이브러리로 구입할 수 있습니다.
우리는 현재 편집 된 세포 집단 또는 단일 셀 클론을 시퀀싱하기위한 MISEQ 서비스를 제공합니다. 제발문의이 서비스에 대한 자세한 내용은
장비
TTP 내에 사용 가능한 여러 유전체학 플랫폼이 있습니다. 우리는 Cancer Institute와 더 넓은 CRUK 슬롯사이트 센터에 기반을 둔 연구 그룹의 프로젝트를 수행하고 장비를 사용하고자하는 연구원들에게 교육을 제공하게되어 기쁩니다..
연락ci.genomics@슬롯사이트.ac.uk프로젝트 및 교육 요구 사항 및 비용에 대해 논의합니다.
- Miseq
위치 : Lab 228
Illumina Miseq는 소형 게놈 시퀀싱, 표적화 된 재현, 소형 RNA 시퀀싱, 메타 게놈 시퀀싱, de novo 전 사체 시퀀싱 등과 같은 광범위한 응용 분야에 적합한 고도로 자동화 된 벤치 탑 시퀀싱 시스템입니다. 짧은 시퀀싱 실행 시간과 높은 데이터 품질을 유지하면서 빠르고 비용 효율적입니다.
사용 가능한 현재 Miseq 키트에는 NANO, NICRO 및 표준 키트가 포함되어 있으며 각각 최대 1, 4 및 2,500 만 판독 값을 출력 할 수 있습니다.
Miseq Nano 키트의 경제적 특성으로 인해, 우리는 종종이 키트가 Illumina Nextseq에서 실행하기 전에 또는 Illumina Novaseq Institute에서 실행하기 전에 QC 라이브러리에 사용하는 것이 좋습니다.
- NextSeq 550
NextSeq 550은 Barclay House 내에 보관되어 있으므로 TTP 직원 만 직접 액세스 할 수 있습니다. 샘플 처리는 당사에 문의하십시오.
Illumina NextSeq 550 시스템은 산업 표준 Illumina 기기 슬롯사이트과 시퀀싱 및 어레이 기능을 결합합니다. 사용자는 하나의 플랫폼에서 전사, 대상 재판매, 유전자형 및 기타 응용 프로그램을 실행할 수 있습니다.
현재 중간 출력 키트에는 150 및 300 사이클 옵션이 포함되어있어 최대 1 억 3 천만 개의 단일 종료 또는 2 억 8 천만 개의 쌍이있는 엔드 리드를 출력 할 수 있습니다.
현재의 고출력 키트에는 75, 150 및 300 사이클 옵션이 포함되어있어 최대 4 억 개의 단일 종료 또는 8 억 쌍의 끝 읽기를 생성 할 수 있습니다.
- NCOUNTER SPRINT SYSTEM
위치 : Lab 303B
NanoString Technologies의 NCounter Sprint 시스템은 정밀도와 감도가 높은 핵산의 직접 멀티플렉스 측정을 위해 디지털 바코드 슬롯사이트을 사용합니다. 이 슬롯사이트은 표적 분자와 단일 분자 영상에 결합하여 단일 반응에서 수백 개의 분자를 감지하고 세는 형광 표지 리포터 프로브를 사용합니다 (세포 당<1 카피).
참고 :이 장비는 현재 서비스 계약이 적용되지 않지만 사용할 수 있습니다.
- Quantstudio 5 실시간 PCR 시스템
위치 : Lab 303C
QuantStudio 5 실시간 PCR 시스템은 최대 실험 제어 기능을 갖춘 고성능 기기가 필요한 사용자를 위해 설계되었습니다. 디자인 및 분석 소프트웨어뿐만 아니라 악기는 사용하기가 매우 쉽습니다.
- Eppendorf MasterCycler RealPlex QPCR Instruments
위치 : Lab 303C
우리는 Eppendorf의 3 개의 Mas 이 악기는 다른 회사의 플레이트 및 시약과 호환되므로 사용하기에 이상적인 플랫폼이됩니다.
- Agilent 2100 Bioanalyzer 기기
위치 : Lab 303C
Agilent 2100 Bioanalyzer는 DNA, RNA 및 단백질 샘플에 대한 크기, 정량 및 순도 평가를 제공합니다. 다음 분석에 대한 키트는 시설에 의해 재고를 보관합니다 - RNA Nano, DNA 1000 및 DNA 높은 감도.
- Qubit 3.0 불계
위치 : Lab 228
Qubit 3.0 형광 계는 매우 민감하고 정확한 형광 기반 큐 비트 정량 분석을 사용하여 DNA, RNA, MicroRNA 및 단백질의 정량에 사용될 수있는 벤치 탑 형광계를 사용하기가 매우 간단합니다. dsDNA, RNA 또는 단백질에 선택적인 염료의 사용은 샘플에서 오염 물질의 효과를 최소화한다.
- Tapestation 2200
병리학 변환 슬롯사이트 플랫폼에는 테이프 테이션이 있습니다. 참조 참조병리학 번역 슬롯사이트 플랫폼자세한 내용 및 예약은 페이지입니다.
게놈 서비스
연락ci.genomics@슬롯사이트.ac.uk샘플 제출 주문 양식을 요청하려면
- 시퀀싱
TTP는 자신의 라이브러리를 준비하려면 시퀀싱 서비스를 제공합니다. 우리는 Illumina Miseq와 NextSeq 550 악기에 액세스하여 소규모 및 대형 유전체학 프로젝트를 수용 할 수 있습니다.
- NGS 라이브러리 준비
우리는 mRNA-seq 및 exome-seq에 대한 라이브러리 준비 서비스를 제공합니다. 서비스의 일환으로 도서관을 정량화하고 품질을 확인할 것입니다.
- 메틸화 프로파일
Illumina Infinium Methylationepic Beadchip는 단일 뉴클레오티드 해상도에서 850,000 개가 넘는 메틸화 부위의 프로파일 링을 허용합니다 (인간 메틸화 450beadchip의 원래 CPG 부위의 90% 및 추가 350,000 CPG 부위가 추가). 여러 샘플을 병렬로 처리 할 수 있도록 메틸 롬에 대한 광범위하고 포괄적 인 견해를 제공 할 수 있습니다.
우리는 Bisulfite 변환, 품질 관리 및 슬롯사이트 유전체학 시설과의 연락을 수행하여 메틸화 프로파일 링을 요구하는 연구 프로젝트를 촉진하여 샘플을 무인 메틸화 비드 chips에서 처리 할 수 있도록합니다..
우리는 또한 표준 프로토콜에 대한 추가 QC 및 DNA 복원 단계를 포함하여 메틸화 연구를위한 FFPE 샘플을 처리합니다..
단일 세포 유전체학
Cruk City of London Center Single Cell 슬롯사이트 시설은 라이브러리 준비에서 생물 정보 분석에 이르기까지 간소화 된 서비스를 제공합니다. 우리는 10x 슬롯사이트 Chromium 컨트롤러 및 Fluidigm C1 플랫폼에서 샘플을 실행할 수 있으며 단일 세포 RNA-Seq, Scatac-Seq 및 Cite-Seq 실험을 실행할 수 있으며 관심있는 다른 방법을 추가하는 것에 대한 토론에 열려 있습니다..
에 대한 자세한 내용을 참조하십시오.단일 세포 유전체학 시설웹 사이트.
게놈 엔지니어링 서비스
이 서비스는 슬롯사이트 회원에게만 제공됩니다
- 오픈 바이오 시스템 pgipz lentiviral shrnamir rnai 라이브러리
우리는 현재 다음 shRNA 라이브러리를 가지고 있습니다 :
- 오픈 바이오 시스템 pgipz lentiviral shrnamir library- 인간
- 오픈 바이오 시스템 PGIPZ Lentiviral Shrnamir Library- 마우스
이 라이브러리는 개별 헤어핀 또는 멀티 플렉스 스크리닝을위한 풀링 된 라이브러리로 구입할 수 있습니다.
이 작업을 시작하기 전에 안전 담당자에게 연락하여 모든 적절한 위험 평가 및 안전 예방 조치를 취해야합니다. Sonia Buckingham은 슬롯사이트 Cancer Institute의 건강 및 안전 책임자입니다.s.buckingham@슬롯사이트.ac.uk
개방 바이오 시스템 pgipz shrnamir 라이브러리 세부 사항
우리는 인간과 마우스 오픈 바이오 시스템 Gipz Shrnamir lentiviral 라이브러리를 가지고 있습니다. 두 라이브러리는 10 만 개가 넘는 활성 클론을 함유하고 있으며, 각각은 각각 인간 및 마우스 게놈 내에서 유전자의 녹다운을 표적으로하는 독특한 헤어핀을 포함합니다..
Shrnamir
GIPZ 벡터 내에 포함 된 헤어핀의 설계는 내인성 miR-30을 기반으로합니다. 내인성 RNA를 모방함으로써 GIPZ 헤어핀은 효율적으로 처리됩니다in vivo관심있는 유전자의보다 효과적인 녹다운을 허용합니다.
GIPZ 벡터 설계
GIPZ Lenti-Vector에는 헤어핀의 효과적인 표현, 추적 및 다양성을 허용하는 다양한 기능이 포함되어 있습니다. 이러한 기능은 다음과 같습니다.
- CMV (Pol II) 프로모터
- Turbo GFP to Mark Shrnamir Expression
- Puromycin Selectable 마커
- lentiviral 벡터는 1 차, 비 분비 및 기타 세포를 변환하기 어려운 일차를 성공적으로 변환 할 수 있도록
추가 정보
- 이 플라스미드 맵을 사용하여 열 수 있습니다Snapgene Viewer무료 소프트웨어이며 다운로드 할 수 있습니다
- 참조GE 웹 사이트라이브러리에 대한 자세한 내용은
- GIPZ 벡터 맵 :
주문
개별 헤어핀 클론
이 GIPZ 헤어핀 및 모든 유도체 (바이러스, 세포주, 다른 벡터 등으로 클로닝 된 GIPZ 벡터의 일부)는 슬롯사이트 외부의 연구소와 공유하거나 전달해서는 안됩니다. 그들은 슬롯사이트 실험실 내에서만 남아 있고 사용되어야합니다.
GIPZ 헤어핀으로 작업을 시작하기 전에 안전 담당자에게 문의하여 모든 적절한 위험 평가 및 안전 예방 조치가 있는지 확인하십시오..
형식
개별 헤어 핀은 박테리아 한천 찌르기 배양으로 온다. 배양 표면에서 LB-AMP 플레이트로 박테리아를 다시 줄이고, 단일 콜로니를 선택하고, 키트를 사용하여 플라스미드 DNA를 준비하고 정제하여 DNA를 서열하여 서열이 정확한지 확인해야합니다.
컨트롤
음성 :
- 빈 GIPZ 벡터
- 비 실용 (스크램블) (22mer : ATCTCGCTTTGGCGAGAGAAG)
긍정적 :
- gapdh (22mer : ccctcatttcctggtatgacaa)
- eg5 (22mer : cggccatgctagaagtacataa)는 인간을 대상으로하지만 마우스는 아닙니다
컨트롤은 shrna 헤어핀과 동일한 가격이며 연락을 통해 주문할 수 있습니다ci.genomics@슬롯사이트.ac.uk주문 양식을 요청하려면
슬롯사이트 컨소시엄 가격
여기에는 슬롯사이트 Cancer Institute, 아동 건강 연구소, 신경학 연구소 및 감염 및 면역 부서의 구성원이 포함됩니다.
박테리아 찌르기 문화 : £ 15.00
주문 클론
지침 :
- contactci.genomics@슬롯사이트.ac.uk주문 양식을 요청하려면
- 로 이동GE 웹 사이트그리고를 따르십시오GIPZ 주문 지침사용 가능한 헤어핀을 검색합니다. 코드 v2lhs, v3lhs, v2lmm 또는 v3lmm.로 시작하는 컬렉션 내에 인간 및 마우스 Gipz 헤어핀이 모두 있습니다.
- 원하는 헤어 핀의 클로 니드를 기록하십시오
- Cancer Institute 내에서 출신이없는 경우, EIDT를 생성 할 수 있도록 프로젝트 세부 정보 및 기관 내에서 금융 연락처를 작성하십시오. 확실하지 않은 경우 위의 가격표를 참조하십시오.ci.genomics@슬롯사이트.ac.uk
- 주문 양식 작성 :
- 프로젝트 코드 (CI 및 비 CI 사용자)를 입력해야합니다.
- 컨트롤이 원하는지 여부와 원하는 형식을 나타냅니다
- 당신이 후에있는 헤어 핀의 클로 니드를 나열하십시오. 이 코드는 V2LHS, V3LHS, V2LMM 또는 V3LMM으로 시작합니다.
- 완료된 양식에 이메일을 보내ci.genomics@슬롯사이트.ac.uk. 귀하의 주문이 수신되었음을 알리고 컬렉션을 정리하기 위해 귀하에게 연락 드리겠습니다.
헤어핀 시퀀싱
우리는 그들과 함께 일을 시작하기 전에 헤어 핀 시퀀싱을 적극 권장합니다.
GIPZ 시퀀싱 프라이머 : 5 '-gcattaaagcagcgtatc -3'melting temp : 52.7c이 프라이머의 바인딩 부위는 기본 5820-5842이고 역 보체 방향으로 실행됩니다.
- CRISPR 시퀀싱 서비스
우리 시설은 또한 편집 된 세포 집단 또는 단일 셀 클론에 대한 비용 효율적인 대상 MISEQ CRISPR AMPLICON 시퀀싱 서비스를 운영하고 있습니다. CRISPR 시퀀싱 서비스는 CRISPR- 표적화 된 게놈 유전자좌로부터 유래 된 앰플 리콘의 깊은 시퀀싱을 제공하기 위해 '하우스'에서 개발되었다.ci.genomics@슬롯사이트.ac.uk자세한 정보 및 관련 비용.
- CRISPR 시약
우리는 최신 CRISPR 슬롯사이트의 설계, 생산 및 사용에 대한 지원을 제공합니다.
CRISPR 시약을 직접 주문할 수 있습니다addgene. 연락하십시오ci.genomics@슬롯사이트.ac.ukCRISPR/CAS9 플라스미드를 포함한 CRISPR 시약에 대한 자세한 정보 및 프로토콜.
CRISPR/CAS9
정기적으로 간단한 짧은 Palindromic 반복 (CRISPR)-관련 시스템
CRISPR/CAS9 시스템은 현재 가장 인기있는 게놈 엔지니어링 슬롯사이트입니다. 특정 DNA 서열을 표적으로하기 위해 쉽게 사용자 정의 할 수있는 박테리아 면역계에 기초한 DNA 결합 복합체이다..
시스템은 두 가지 구성 요소를 사용합니다. 함께 발현 될 때, GRNA 및 CAS9는 활성 엔도 뉴 클레아 제를 형성한다.
CRISPR/CAS9 시스템은 매우 다양하며 많은 CAS9 변형이 존재합니다. 여기에는이 시스템이 DNA 활성화, 억제, 국소화 또는 정제 도구 등으로 사용할 수있는 뉴 클레아 제 결핍 CAS9가 포함됩니다..
CRISPR/CAS9 시스템은 빠르게 변화하고 발전하는 슬롯사이트입니다. 새로운 CRISPR/CAS9 시약이 지속적으로 개발되고 있으며이 시스템의 기능을 더욱 확장합니다.
우리는 현재 TTP에서 주문할 수있는 많은 CRISPR/CAS9 시약이 있습니다.
- Lentiviral Production
우리는 개방형 바이오 시스템에서 직접 고가, 2 세대 및 3 세대 렌티 바이러스를 직접 제공 할 수 있습니다. 우리는 또한 연구원이 적합한 2 세대 또는 3 세대 렌티 바이러스 벡터의 제공에 의존하는 맞춤형 렌티 바이러스 포장 서비스를 제공합니다.ci.genomics@슬롯사이트.ac.uk자세한 정보 및 관련 비용.
