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제트벳 Cancer Institute

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암 제트벳 진화

우리의 실험실은 계산 방법을 사용하여 진화 프레임 워크 내에서 암 제트벳 및 항 종양 면역을 탐색하는 데 중점을 둡니다. 우리는 UCL Cancer Institute에 위치한 Cruk-UCL Lung Cancer Center of Excellence 내에 있습니다.

그룹 리더

Nicholas McGranahan 교수

암 제트벳 교수

이메일 :nicholas.mcgranahan.10@제트벳.ac.uk

x :에 따르면@nickymcgranahan

잠재적 공동 작업자와 잠재적 인 박사 및 박사후 후보자 모두의 비공식 문의를 환영합니다.

제트벳 프로파일

Nicholas 제트벳

연구

암 제트벳에는 과거에 대한 고고 학적 기록이 포함되어 있으며, 각 제트벳 사건은 종양의 삶의 역사에서 활성화 된 돌연변이 과정의 흉터를 나타냅니다.

지수 비용 감소와 함께 차세대 시퀀싱의 출현은 대규모로 엑솜과 전체 암 제트벳의 시퀀싱을 초래했습니다. 실제로 컨소시엄과 같은 컨소시엄TCGA(암 제트벳 아틀라스) 및ICGC(International Cancer Genome Consortium)는 수천 개의 시퀀싱 된 암 제트벳과 엑솜을 공개적으로 이용할 수있었습니다.

현재까지,이 데이터는 암과 관련된 주요 제트벳 사건, 주요 동인 및 여객 돌연변이를 구별하고 (Lawrence et al., 2014) 암 진화를 형성하는 주요 돌연변이 과정에 대한 조명을 흘리는 데 사용되었습니다 (Alexandrov et al., 2013). 그러나, 우리는 이러한 시퀀싱 프로젝트에서 처음에 예상했던 것보다 적은 것을 배웠으며, 확립 된 운전자 사건에 중점을 둔 대상 요법은 암 환자의 전체 생존 시간을 크게 향상시키지 못했습니다.

종양 이질성

개인화 된 의약의 성공에 대한 주요 장애물은 종양 내 이질성입니다 (McGranahan and Swanton (2015)). 미국과 다른 사람들의 최근 연구는 각 종양의 제트벳 환경이 독특하다는 것을 보여 주었을뿐만 아니라 동일한 종양의 다른 영역도 크게 발산 될 수 있음을 보여 주었다 (Burrell et al., 2013).

종양 내 이질성은 치료 성공을 혼란스럽게 할 수 있지만, 종양의 제트벳 역사를 밝히는 역할을 할 수 있습니다 (Greaves, 2015; McGranahan and Swanton, 2015)..

Bioinformatics

​​우리는 최첨단 생물 정보학 및 진화 방법을 사용하여 암 제트벳 진화를 해독하고 암에 중점을 둔 암 성장 및 발달의 패턴을 탐색하여 폐암에 중점을 둡니다. 궁극적으로, 우리는 환자 치료를 개선하기 위해 종양 진화와 항 종양 면역을 지배하는 규칙에 대한 더 깊은 이해를 얻는 것을 목표로합니다.

계산 도구

우리는 최근에 새로운 계산 도구를 개발했습니다 (TcellexTrect) DNA 시퀀싱 데이터에서 T 세포 함량의 탐색을 가능하게합니다.

우리가 최근 면역 탈출을 이해하기 위해 개발 한 생물 정보학 도구의 또 다른 예,lohhla: 인간 백혈구 항원에서 이종 접합성 상실.

더 많은 계산 도구

MediaCentral 위젯 자리 표시 자http://mediacentral.제트벳.ac.uk/Player/9608

출판소 선택

  1. Bentham R, Litchfield K, Watkins TBK, Lim El ...McGranahan n#. T 세포 분획 및 치료 반응을 정량화하기 위해 DNA 시퀀싱 데이터 사용. 자연.
  2. Black JRM, McGranahan N. 암 제트벳의 유전 적 및 비 유전자 클론 다양성. Nat Rev 암.
  3. Hernando B, Dietzen M, Parra G ...McGranahan N, Martinez-Cadenas C.태양에 노출 된 정상 피부에서 암 운전자 돌연변이의 극장 및 선택에 대한 연령의 영향. Ann Oncol.
  4. Litchfield K, 읽기 JL, Puttick C ...McGranahan n#, Swanton C.체크 포인트 억제에 대한 종양 및 T 세포-무질서 메커니즘의 메타 분석. 셀.
  5. Schenk A, López S, Kschischo M,McGranahan N. 생식선 조상은 폐 선암종의 제트벳 질병 과정에 영향을 미칩니다. Evol Appl.
  6. Watkins TBK, Lim El, Petkovic M ...Mourikis TP, Dietzen M...McGranahan n#, Swanton C.종양 제트벳에서의 확산 염색체 불안정성 및 핵형 순서. 자연.
  7. PennyCuick A, Teixeira VH, Abduljabbar K ...McGranahan N, Janes Sm.전염성 편평 세포 폐암의 임상 회귀에서의 면역 감시. 암 디스크.
  8. López S, Lim El, Horswell S, Haase K,Huebner A, Dietzen M, Mourikis TP, Watkins TBK... Swanton C,McGranahan N. 전체 제트벳 배가와 암 진화에서 해로운 변화의 축적 사이의 상호 작용. Nat Genet.
  9. Birkbak NJ,McGranahan N. 전이의 암 제트벳 진화 궤적. 암 세포.
  10. Rosenthal R, Cadieux EL, Salgado R ...McGranahan N, Swanton C; Tracerx 컨소시엄.폐암 제트벳에서의 신경 항원 지향 면역 탈출. 자연.
  11. Messaoudene M, Mourikis TP, Michels J ...McGranahan N, André F, Zitvogel L.노드-양성 유방암의 세포 이질적 항체 : MHC 클래스 I 손실 변이에 대한 새로운 치료 방법. Ann Oncol.
  12. McGranahan n*, Rosenthal R, Hiley CT 등,폐암 제트벳에서의 대립 유전자-특이 적 HLA 손실 및 면역 탈출.셀. 2017.
  1. Jamal-Hanjani M, Wilson GA,McGranahan N, et al (2017).비소 세포 폐암의 제트벳 추적. 뉴 잉글랜드 의학 저널. 376(22), 2109-2121.
  2. McGranahan N, Furness AJS, Rosenthal R 등 (2016).Clonal Neoantigens는 T 세포 면역 반응성 및 면역 점검 점 차단에 대한 민감도를 유발합니다, 과학
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  6. Murugaesu N, Wilson GA, Birkbak NJ, Watkins T,McGranahan N, et al (2015).신 보조 화학 요법을 통한 식도 선암종의 제트벳 진화 추적. Cancer Discov, 5 (8) : 821-31.
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  8. Gerlinger M, Horswell S, Larkin J ...McGranahan N(2014).맑은 세포 시퀀싱에 의해 정의 된 명확한 세포 신장 세포 암종의 제트벳 구조 및 진화. Nat Genet, 46 (3), 225-233.
  9. Martinez P, Birkbak NJ, Gerlinger M,McGranahan N, E al (2013).종양 서브 클론의 평행 제트벳는 종양 간의 다양성을 모방합니다. J Pathol, 230 (4), 356-364.
  10. Gerlinger M, Quezada SA, Peggs KS ...McGranahan N, et al (2013).매우 깊은 T- 세포 수용체 시퀀싱은 신장 세포 암종에서 T- 세포 클론의 복잡성 및 내부 이질성을 보여줍니다. J Pathol, 231 (4) : 424-32
  11. Fisher R, Horswell S, Rowan A ...McGranahan N, et al (2014).동기식 VHL 증후군 종양의 발달은 종양 제트벳에 대한 우발성과 제약을 보여줍니다. 제트벳 생물학, 15 (8), 433.

그룹 멤버

  • Carlos Martinez Ruiz, postdoc
  • Maria Litovchenko, postdoc
  • Robert Bentham, 시니어 박사후
  • Ariana Huebner, PhD 학생
  • Kerstin Thol, PhD 학생
  • Piotr Pawlik, PhD 학생
  • James Black, 임상 PhD 학생
  • Michelle Leung, PhD 학생

동문

  • Michelle Dietzen, Biontech
  • Saioa Lopez, Wellcome Trust의 데이터 및 연구 분석가
  • Thanos Mourikis, Novartis의 종양학 데이터 과학 수사관

공동 작업자

  • Charles Swanton 교수
  • Dr Sergio Quezada
  • Sohrab Shah 교수